Sự nghiệp đỉnh cao của Pepe gắn liền với Real Madrid, giai đoạn 2007-2017. Sau khi chia tay Bernabeu, Pepe chuyển tới Besiktas nhưng không để lại nhiều dấu ấn.
Anh rời đội bóng Thổ Nhĩ Kỳ sau 1 năm và trở lại Porto vào đầu năm 2019. Trong gần 5 năm ở Porto, Pepe luôn là trụ cột với lối chơi máu lửa và sự tận tâm. Ở mùa giải vừa qua, Pepe cùng Porto vào vòng 1/8 Champions League và chỉ thua Arsenal trên loạt đấu súng may rủi.
Hành trình thứ hai của Pepe ở Porto đã chính thức khép lại. Trước khi đến Real Madrid năm 2007, anh cũng từng có 3 năm chơi ở sân Dragon. Thời điểm đó, Pepe đã được đánh giá rất cao trước khi đầu quân cho Real Madrid với giá 30 triệu euro.